En la historia una flota de buques cargados con super armas de repente aparecen por todo el mundo, sin la habilidad de poder defenderse, la humanidad fuĆ© derrotada y ya no podĆa navegar en los mares; 17 aƱos despuĆ©s de la devastadora gerra naval, Chihaya Gunzou y sus amigos toman posesión de un submarino y lo renombran como como I-401 asĆ comienzan a combatir contra el enemigo